2012年 校地携手

2012年12月，平潭综合实验区与厦门大学签订战略合作协议，双方在课题研究、举办两岸论坛和服务产业发展等领域保持密切的合作关系，特别是大力开展两岸经济、文化、社会、政治融合先行先试实践活动，探索两岸融合发展模式。同时，成立厦门大学海峡两岸发展研究院，为实验区提供高质量的决策咨询服务，促进高新科技成果在实验区实现转化和产业化，同时为实验区开展两岸教育、文化、科技、经贸交流合作提供有力支持。

2013年 共建智库

2013年3月，厦门大学牵头组建了两岸关系和平发展协同创新中心，这是一个国家级协同创新中心，平潭综合实验区是首批理事单位。该中心分别在平潭和厦门设立实验基地和实践基地，平潭实验基地承担实验区各项理论研究和实验活动，在两岸经济一体化、社会整合、文教融合、共同事务合作管理等领域展开创新研究实践活动，共同打造智力库，助推两岸融合发展。

2018年 考古添翼

2018年4月，厦门大学平潭考古实习基地正式落地平潭国际南岛语族考古研究基地。同年7月，厦门大学人文学院历史系考古专业师生组成了考古实习队伍正式入驻，平潭史前文化遗址又多了一群年轻的研究力量。同年10月底，厦门大学历史系考古专业师生和福建省博物馆考古研究队在平潭发掘出土了一处南朝墓葬遗址，这是平潭考古史上第一次发现南北朝时期的墓葬遗址。

2019年 多元合作

2019年12月，厦门大学平潭研究院在平潭台创园正式揭牌成立，研究院旨在对接平潭发展定位和产业需求，以台湾研究交叉学科、海洋科学、工商管理（旅游管理、MBA）、戏剧与影视学等一级学科为主，开展具有平潭特色的学科建设，为实验区发展提供人才培养、科学研究、成果转化等服务，努力打造集教学、育才、研发于一体的创新型研究院。